| 146,2 |
  v 2,1 N vl Nová ves vl  300 m vl  vl  vl (463 m n.m.) |
| 136,7 |
 Halámky vp vl (456 m n.m.)  500 m vp |
| 133,3 |
v 2,0 N vp Na Primáně |
| 132,9 |
 |
| 127,5 |
stupeň  |
| 126,7 |
v 1,9 |
| 126,6 |
Suchdol n./L. vl 300 m vl (ČD---lodě) |
| 126,0 |
v 1,1 stupeň |
| 125,1 |
|
| 125,0 |
 vp vp 600 m vl |
| 123,0 |
Ú vp Dračice |
| 117,5 |
 (potrubí) |
| 117,2 |
v 2,9 X Pilař nouzové vl  150 m vl |
| 117,0 |
1 km vl Chlum u Třeboně 4 km vp 1 km vl |
| 115,7 |
stupeň st |
| 115,6 |
Ú zp Koštěnický potok |
| 113,3 |
vl |
| 113,2 |
vl Majdalena vl vl |
| 113,0 |
stupeň za SV přetahování vl |
| 111,8 |
|
| 109,8 |
v 2,1 rozvodí |
| 104,0 |
začátek těžko průjezdného / neprůjezdného úseku (viz komentáře k řece) |
| 97,7 |
Stará hlína vp vp |
| 96,0 |
počátek vzdutí Rožmberk (426 m n.m.) |
| 93,2 |
v 5,0 X hráz Rožmberk |
| 91,2 |
Lužnice vl vp |
| 90,6 |
v 2,2 |
| 89,0 |
|
| 87,0 |
Klec vp |
| 86,4 |
 200 m vp vp |
| 85,8 |
stupeň |
| 85,4 |
v 2,6 Frahelž při sklopení |
| 83,8 |
Frahelž vl 50 m vl |
| 83,3 |
 |
| 83,2 |
2 stupně za VV |
| 81,2 |
stupeň prohlédnout z p břehu |
| 80,4 |
|
| 80,0 |
Vlkov vp 1 km vp |
| 79,3 |
stupeň |
| 78,5 |
|
| 75,9 |
100 m vl Veselí vl |
| 75,0 |
Ú zp spojovací kanál s Nežárkou |
| 74,9 |
za VV nutno přenést 1,5 km vp (ČD---lodě) |
| 74,8 |
v 2,5 X Ostrov vp  vp (405 m n.m.) |
| 74,5 |
Ú zp Nežárka |
| 69,2 |
 v 1,5 X !! Dráchov vl |
| 69,1 |
vp |
| 67,1 |
 v 1,6 Čejnov dl N vl |
| 65,0 |
vl |
| 64,7 |
vp Soběslav vp 500 m vp (ČD---lodě) |
| 64,2 |
Ú zp Černovický p. vp |
| 63,8 |
 v 1,0 mělčina vp |
| 63,5 |
|
| 62,2 |
Špačkův mlýn ostrov jeďte vl; vp: v 1,5 N vp propust většinou zavřená vl: za VV |
| 59,7 |
Klenovice vp |
| 57,4 |
Skalice vl vl vl |
| 56,0 |
v 1,5 Roudná vp 1 km vp (ČD---lodě) |
| 53,4 |
3 nízké stupně |
| 53,1 |
stupeň vl vp |
| 48,0 |
v 1,5 X N vp Planá n. Luž. vp 400 m vp (ČD---lodě) vp |
| 47,8 |
|
| 45,7 |
v 1,2 Soukeník za SV |
| 45,4 |
vp 200 m vp do kopce vp Sezimovo Ústí vp 1 km vp (ČD---lodě) |
| 43,6 |
vp Sezimovo Ústí vp Ú zp Kozský p. |
| 43,2 |
v 1,5 N vp propust většinou uzavřená |
| 42,2 |
|
| 40,6 |
Tábor vp 500 m vp (ČD---lodě) vp |
| 40,5 |
v 1,5 N vp |
| 40,0 |
N vl za SV vl |
| 39,7 |
Suchomelův ostrov vl vl |
| 39,5 |
vl  vp |
| 39,1 |
v 1,4 N vp |
| 38,6 |
Tábor vp  vp |
| 38,3 |
v 1,1 N vp propust trvale uzavřena za VV vp |
| 37,5 |
v 1,3 Na Papírně Klokoty 400 m vp |
| 36,8 |
v 1,0 Benešův mlýn zbytky jezu |
| 37,0 |
vp Harrachovka vp |
| 35,9 |
Riviera vp dl peřej |
| 34,9 |
v 1,0 N vp poškozený jez Kvěchův mlýn skála vl !! |
| 34,7 |
peřej kamenné pole Stádo !! jeďte vp |
| 33,4 |
v 1,0 N vp Matoušovský mlýn peřej 200 m vp |
| 31,4 |
v 0,7 zbytky jezu Bredův mlýn jeďte vl |
| 29,4 |
Příběnice vl Příběničky vp |
| 27,3 |
v 1,5 X Bejšovcův mlýn |
| 27,0 |
vl Bečice vl vl Lužničanka (370 m n.m.) |
| 26,5 |
vl Salón Lužnice |
| 25,8 |
v 1,4 Suchomel zbytky jezu |
| 24,1 |
|
| 24,0 |
v 0,7 U Marků |
| 21,9 |
ostrov v 1,6 vl vp Na Papírně propust vl za VV !! přenášení vl vp |
| 20,0 |
v 1,5 N vp Dobronice vp vp 800 m vp vp |
| 19,8 |
|
| 19,5 |
vp Dubí |
| 15,5 |
Hutě vl |
| 13,4 |
vl Na Říhovkách |
| 12,2 |
vp |
| 11,8 |
Bechyně vp 1 km vp (ČD---lodě) (360 m n.m.) |
| 11,6 |
v 1,4 N vp Horní mlýn |
| 10,9 |
vp lázně(?) |
| 10,7 |
v 1,3 |
| 10,6 |
Ú zp Smutná |
| 9,0 |
Ú zl Židova strouha |
| 7,1 |
v 1,5 N vl Červený mlýn propust !! |
| 5,0 |
začátek plného vzdutí VD Kořensko |
| 4,2 |
Koloděje n./Luž. vl vp vp |
| 4,1 |
v 1,5 přetahování vl při plném vzdutí VD Kořensko zatopen |
| 0,6 |
Nový Dvůr |
| 0,0 |
Ú zp do Vltavy na ř. km 202,2 (350 m n.m.) |
Kilometráž